本校は昭和３１年４月開校に先立ち、校章を制定した。これは当時、旭川商業高校に在職され、本校に美術講師として在籍された佐藤進先生が考案デザインされたものである。
　 先ず、全体の形は北海道らしく雪の結晶の六角形を象り、その一角一角にクローバーの葉を配してある。「南高」の文字の下側から両横にかけて、「旭川」の文字をデザイン。クローバーの葉の中央にある線より、葉を二分割して「２」の数字を表し、六枚の葉が２×６で旭川市に合併される以前の１２か町村（神楽・東神楽・西神楽・比布・当麻・美瑛・東川・鷹栖・江丹別・東旭川・永山・東鷹栖）を意味する。
つまり、旭川市を中心とした、その周辺１２か町村の協力、援助によって創立された学校という意味である。